ABSTRACT
High concentrations of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) genome have been described in wastewater and sewage sludge. It raises the question of the security of land sludge disposal practices during a pandemic. This study aimed to compare SARS-CoV-2's resistance to the main inactivating factors in sludge treatments, pH and heat, to that of native wastewater somatic coliphages. The latest can be easily used as an indicator of treatment efficiency in the field. The effects of heat treatment and pH on the survival of SARS-CoV-2 and somatic coliphages were investigated in simple media. The T90 value (time required for a 90% reduction in the virus or a 1 × log10 decline) at 50 °C was about 4 min for infectious SARS-CoV-2, and around 133 min for infectious somatic coliphages, with no decrease in SARS-CoV-2 genome. For infectious SARS-CoV-2, a slight decrease (<1 log10 unit) was observed at pH 9 or 10 for 10 min; the decrease was over 5 log10 units at pH 11. However, both SARS-CoV-2 genome and infectious somatic coliphages decreased by less than 1 log10 unit at pH 12. All thermal or pH-based treatments that can remove or significantly reduce infectious somatic coliphages (>4 log10) can be considered efficient treatments for infectious SARS-CoV-2. We concluded that somatic coliphages can be considered highly conservative and easy to use indicators of the inactivation of SARS-CoV-2 during treatments based on heat and alkaline pH.
Subject(s)
COVID-19 , SARS-CoV-2 , Coliphages , Hot Temperature , Humans , Hydrogen-Ion ConcentrationABSTRACT
Introduction L’Organisation mondiale de la santé recommande les enquêtes de séroprévalence sur un échantillon aléatoire de la population afin de préciser les connaissances sur l’étendue de la circulation du SARS-CoV-2 et d’évaluer l’immunité acquise d’une population. La connaissance des facteurs associés à un résultat positif dans les enquêtes sérologiques s’améliore, cependant certains éléments doivent être étudiés davantage, comme l’effet de l’âge ou du statut socioéconomique défavorisé, ainsi que la capacité de neutralisation du SARS-CoV-2 par les anticorps, corrélée à la protection immunitaire contre l’infection. L’objectif général de cette étude était d’estimer la prévalence des sérologies positives anti-SARS-CoV-2, par détection d’anticorps IgT-totales (IgM/IgA/IgG) dans la population de la Métropole du Grand Nancy (MGN). Méthodes Au total, 6094 individus identifiés par tirage au sort stratifié sur les zones IRIS de la MGN ont été invités avec tous les membres de leur foyer, âgés de plus de 5 ans, à une visite réalisée entre le 26 juin et le 24 juillet 2020. Cette visite incluait le remplissage d’un questionnaire explorant les caractéristiques sociodémographiques et le niveau de précarité sociale, médicale, les contacts potentiels avec le virus de la COVID-19, les symptômes en cas d’épisode évoqué ou confirmé de COVID-19 et la réalisation d’un prélèvement sanguin. Un test ELISA (Bio-rad) a été utilisé pour détecter les anticorps anti-SARS-CoV-2 (IgT, c’est-à-dire IgA/IgG/IgM). Les échantillons de sérum ont été classés en fonction de l’activité de séroneutralisation>50 % (NT50). Chaque zone IRIS a été associée au score EDI (indice écologique de défavorisation sociale). Résultats Parmi les 2006 participants âgés de 5 à 95 ans dont 55 % de femmes et 148 mineurs, 21 % étaient considérés en « précarité sociale » (score Epices>30). Quarante-trois étaient séropositifs au SARS-CoV-2 soit une séroprévalence brute de 2,1 % (IC95 % [1,5–2,9]) et de 2,30 % après standardisation selon l’âge et le sexe en France. Elle était plus élevée pour les 20–34 ans (4,7 %, IC95 % [2,3–8,4]), dans les EDI associés à niveau socioéconomique inférieur (2,7 % pour quintiles 3-4-5 contre 1 % pour les quintiles 1–2, p=0,02) et la propagation de l’infection intra-ménage était significative (p<10−6). Cependant, elle n’était pas significativement plus faible chez les personnes en situation de précarité sociale (1,0 % pour les scores EPICES>30 contre 2,5 % sinon, p=0,09) ;25 % des individus (IC95 % [23–27]) ont déclaré au moins un symptôme de la COVID-19, l’anosmie ou l’agueusie étant le symptôme le plus discriminant (OR=27,8, IC=[13,9–54,5]) ;16,3 % des personnes séropositives étaient asymptomatiques. Pour 31/43 (72 %, [56–85]) séropositifs, la détection des anticorps a été associée à une activité de neutralisation du SARS-CoV-2 démontrée in vitro au laboratoire. Conclusion Cette étude met en évidence une très faible prévalence des sérologies positives anti-SARS-CoV-2, lors de la première vague laissant supposer un effet bénéfique du confinement, avec une séroneutralisation fréquente du SRAS-CoV-2 chez les patients IgT-positifs. Des études supplémentaires réalisées sur des populations variées devront préciser la durée de persistance de cette neutralisation sérique, sa corrélation avec la protection des individus contre l’infection et/ou la sévérité de la maladie COVID-19, et une éventuelle protection croisée contre des souches de SARS-CoV-2 qui évoluent sur le plan génétique.